Urodził się we wsi Osse na kielecczyźnie, w ubogiej rodzinie. Szybko okazało się, że jest zdolnym chłopcem, ale na jego kształcenie nie było w domu pieniędzy. Ostatecznie Janek mógł się kształcić dzięki wsparciu finansowemu miejscowego proboszcza, ks. Aksamitowskiego, a później także dzięki pomocy lokalnego ziemianina.
W 1915 r. wstąpił do seminarium duchownego diecezji sandomierskiej, w 1919 otrzymał święcenia kapłańskie. Zaraz po nich podjął studia biblistyczne na Uniwersytecie Warszawskim – co w owym czasie nie było typowym wyborem początkujących księży.
Wkrótce przerwał studia, by podążyć na front wojny polsko-bolszewickiej. Walczył jako ochotnik-kapelan w 8 pułku piechoty Legionów. Tam – w obliczu śmierci wielu kolegów z szeregu, ale i wielu żołnierzy armii bolszewickiej – ukształtowała się jego postawa radykalnego sprzeciwu wobec zabijania. Powiedzieć o nim, że był integralnym pacyfistą, nie można – wszak towarzyszył ze swoją posługą polskim żołnierzom, którzy walczyli w obronie Ojczyzny, a walcząc, także zabijali żołnierzy napastniczej armii. Ksiądz Zieja uznawał tę walkę za moralnie uprawnioną, zarazem jednak oceniał, że pozbawianie kogoś życia to uzurpowanie sobie uprawnień Boskich: to Bóg daje życie, nie jest więc w mocy moralnej człowieka życie odbierać. Tę sprzeczność postrzegał jako tragizm historii i tragizm ludzkiej egzystencji.
Po odparciu bolszewików młody ksiądz wraca na przerwane studia. Kończy je absolutorium w roku 1923 r., ale – mimo że ma wszelkie zadatki na naukowca – odmawia pisania pracy doktorskiej, powiadając – ku zaskoczeniu uniwersyteckiej profesury – że ważniejsza jest dla niego praca duszpasterska. Nim uzyska absolutorium w Warszawie, spędzi jeszcze w 1922 r. kilka miesięcy w Rzymie, w Instytucie Biblijnym i Wschodnim. Zarówno główne studia w Warszawie, jak i te w Rzymie przybliżają go do źródeł chrześcijaństwa – w tym także do źródeł judaistycznych, co w owym czasie jest podejściem zgoła ekstrawaganckim, choć z dzisiejszej perspektywy wiemy, że w pełni uprawnionym.
Głęboko przeżywa pogorszenie się klimatu politycznego (a dalej: stosunków międzyludzkich) w Polsce w latach 20-tych, zakończone rozwiązaniem siłowym w postaci Zamachu Majowego (12-15 maja 1926). Postanawia wtedy odbyć pieszą pielgrzymkę do Rzymu w intencji pojednania między Polakami. Pielgrzymka znajduje swój kres w Wiedniu, ponieważ młody kapłan-kontestator świadomie nie zabiera ze sobą paszportu i musi wracać do Warszawy.
Pracuje jako wikary w kilku kolejnych parafiach, ale nigdzie nie zagrzewa długo miejsca. Jest kapłanem – by tak rzec – niekonwencjonalnym i za tę swoją dezynwolturę zostaje dwukrotnie ukarany naganą przez kościelnych przełożonych: raz – za normalny, katolicki pochówek samobójczyni, drugi raz – za nie stosowanie przyjętego cennika za odprawione posługi religijne (chrzty, śluby, pogrzeby, etc.), a używanie zamiast tego formuły „co łaska”. W tamtych czasach samobójców grzebano na „nie poświęconej ziemi”, a za posługi religijne stosowano cennik, niekiedy wygórowany dla przeciętnych katolików. Jest więc Jan Zieja kapłanem cokolwiek antyklerykalnym. Niektórzy go podziwiają, wielu – szczególnie w Kościele instytucjonalnym – traktuje go z rezerwą.
W tej sytuacji zwraca się w 1928 r. do biskupa pińskiego, Zygmunta Łozińskiego, o przyjęcie do jego diecezji. Tak się staje. W diecezji pińskiej Zieja jest m. in. kapelanem biskupa, sekretarzem diecezjalnej Akcji Katolickiej, ale także – co lubił najbardziej – proboszczem ubogiej poleskiej parafii.
W latach 1932-1934 odbywa studia judaistyczne na Uniwersytecie Warszawskim. Po ich zakończeniu wraca do diecezji pińskiej, gdzie m. in. współpracuje z Urszulą Ledóchowską, słynną już wtedy założycielką zgromadzenia Urszulanek Serca Jezusa Konającego (tzw. urszulanki szare) w jej dziełach edukacyjnych. Ponadto wykłada w Wyższym Seminarium Duchownym w Pińsku.
W 1939 r. zostaje zmobilizowany i przydzielony do 84 pułku Strzelców Poleskich. Przechodzi z tym pułkiem szlak bojowy, który kończy się pod Modlinem, gdzie ks. Zieja dostaje się do niewoli. Jako jeniec nie zaprzestaje swojej misji kapelańskiej. Wśród innych posług religijnych, udziela także spowiedzi. Spowiada wtedy również żołnierzy niemieckich, co u niektórych obserwatorów wywołuje konsternację. Ks. Zieja robi to jednak z pełną świadomością, wedle słów św. Pawła: Nie ma już Żyda, ani poganina, nie ma już niewolnika, ani człowieka wolnego, nie ma już mężczyzny, ani kobiety, wszyscy bowiem jesteście kimś jednym w Chrystusie Jezusie (list do Galatów, 3:28).
Po zwolnieniu z niewoli przebywa przez jakiś czas w Laskach, gdzie siostry Franciszkanki Służebnice Krzyża prowadzą ośrodek opiekuńczy dla niewidomych dzieci. Zieja zna dobrze to miejsce, ponieważ jeszcze w roku 1920 pomagał s. Róży Czackiej zakładać tę, jedyną w swoim rodzaju, ochronkę.
Potem wraca do Warszawy, gdzie zostaje kapelanem Szarych Szeregów, a także kapelanem Komendy Głównej Armii Krajowej. Działa w Radzie Pomocy Żydom „Żegota” – dostarcza fałszywe metryki chrztu, które pozwalają przetrwać pod przybraną katolicką tożsamością.
W czasie Powstania jest kapelanem pułku „Baszta, zostaje ranny. Po kapitulacji Powstania trafia do obozu w Pruszkowie. Jakiś czas potem znajduje się w Krakowie, gdzie ks. Ferdynand Machay, proboszcz Bazyliki Mariackiej, czyni go swoim zastępcą. W Krakowie ks. Zieja znajduje bardzo dobre (przynajmniej w stosunku do tego co znał z powstańczej Warszawy) warunki materialne. Szybko dochodzi wszak do wniosku, że żyje tu zbyt wygodnie. Postanawia jechać na zachód, do polskich robotników przymusowych w Niemczech. Tak też czyni. Tam, wśród nędzy materialnej i moralnej, czuje się znowu na swoim miejscu.
Gdy kończy się wojna nie wraca do Warszawy, ani do Pińska (który nagle znalazł się za granicą), lecz przyjeżdża do Słupska. Jest tam, w latach 1945-1949 proboszczem w kilku parafiach. I znowu, nie zadowala się zwyczajnym duszpasterstwem, lecz – kolejny raz – wychodzi przed szereg. W kazaniach nawołuje do ludzkiego (zgodnego z nakazami chrześcijańskiej miłości bliźniego) stosunku do tamtejszych Niemców. Głosi, że mimo wszystkich zaszłości z czasów wojny i okupacji, nie można stosować odpowiedzialności zbiorowej, za to trzeba w każdym Niemcu widzieć także człowieka – a to każe wyrzec się nienawiści i żądzy zemsty. Zaiste, w tamtych latach, dla tamtych słuchaczy kazań słupskiego proboszcza, „trudna jest ta mowa” (Ewangelia wg św. Jana, 6, 60).
W 1950 wraca do Warszawy, jest tam m. in. rektorem kościoła ss. wizytek przy Krakowskim Przedmieściu. I tu jego kazania wykraczają poza księżowską rutynę. Mówi o Katyniu, o aresztowaniu Prymasa w 1953 r. i o tym, że kard. Wyszyński został w tym momencie opuszczony przez biskupów. „Władza ludowa” słyszy te kazania, a księdzu rektorowi grozi aresztowanie. To, szczęśliwie, nie następuje, ale ks. Zieja musi na jakiś czas wyjechać z Warszawy.
W latach 60-tych znowu wspiera zakład w Laskach. 17 września 1974 mówi z ambony o rocznicy inwazji ZSRR na Polskę. To jest – oczywiście – przełamanie cenzorskiego zapisu. Mówi wtedy także o konieczności pojednania pomiędzy Polakami a Rosjanami. To też, mimo całej komunistycznej frazeologii o „braterstwie narodów” jest wykroczenie poza odgórną pedagogikę. Podobnie jak jest nim upomnienie się o prawa innych narodów pod władzą ZSRR, pozbawionych niepodległości. Niepoprawność do sześcianu.
Nic dziwnego, że w 1975 r. ks. Zieja jest sygnatariuszem protestu przeciwko zmianom w Konstytucji PRL. I nic dziwnego, że rok później zostaje członkiem-założycielem KOR-u, a także – jako człowiek niekwestionowanego publicznego zaufania – przewodniczącym działającej w ramach Komitetu Rady Funduszu Samoobrony Społecznej.
Po roku 1980/81 jest już mniej aktywny. Ale do końca swoich dni pozostanie rzeczywistym autorytetem moralnym. Wielu ludzi niepokornych, zbuntowanych, a niekiedy także zagubionych, szuka u niego – w małym mieszkaniu, u ss. Urszulanek przy ul. Wiślanej – rady. I wielu ją znajduje.