Jan Dobraczyński studiował na Uniwersytecie Warszawskim, a potem na Wyższej Szkole Handlowej. Był działaczem studenckiej, katolickiej, organizacji Iuventus Christiana, studia ukończył w 1932 r., a w 1935 przeniósł się do Lublina, gdzie poślubił Marię Danutę Kotowicz. W 1938 r. zamieszkał znowu w Warszawie.
Jeszcze przed wojną wyklarowały się jego poglądy polityczne jako przekonanego narodowca. Był członkiem Stronnictwa Narodowego i publicystą m. in. „Prosto z Mostu”, „Myśli Narodowej” i „Kultury”.
W kampanii wrześniowej walczył jako kawalerzysta. Po klęsce wojny obronnej zatrudnił się w Wydziale Opieki Społecznej Zarządu Miejskiego Warszawy. Równocześnie kontynuował swoje przedwojenne zaangażowanie ideowe, będąc m. in. redaktorem pisma „Walka” – organu Narodowej Organizacji Wojskowej.
W czasie okupacji w życiu Jana Dobraczyńskiego wydarzyła się rzecz podwójnie niezwykła – najpierw dlatego, że wymagająca nieprzeciętnej odwagi, po drugie dlatego, że pozostająca w kolizji z jego przekonaniami. W 1938 r. pisał na łamach „Myśli Narodowej” na temat tzw. kwestii żydowskiej: Więc co? Pozwolić aby żydzi weszli nam na głowę i robili w naszym kraju co im się podoba? Sytuacja być może pożądana dla takich pseudokatolików ale nie dla ludzi, którzy mają świadomość ciążącej na każdym katoliku odpowiedzialności za swoich współbraci. Przede wszystkim najbliższych – zgodnie z ordo charitatis. […] Oni wolą burzyć i rabować podstępem. Im nie wystarcza cel – stworzenie wielkiego narodu żydowskiego – oni chcą osiągnąć – jak w handlu – zwycięstwo żydostwa z równoczesną zagładą wszystkich innych narodów. To już nie nacjonalizm ale nacjoegoizm, nacjocentryzm, walka o panowanie nad światem, szkodliwa mania, którą należy unieszkodliwić, jak się unieszkodliwia szaleńca-mordercę… Wiadomo, poprzez jego zaangażowanie w NOW, w SN, a przede wszystkim wypowiedzi publicystyczne na łamach prasy narodowej w czasie okupacji, że nie zmienił poglądów. Tymczasem ten sam Jan Dobraczyński odznaczył się wielką determinacją w ratowaniu dzieci z getta (także w pomocy dzieciom polskim wysiedlonym z Zamojszczyzny). Irena Sendlerowa szacowała, że dzięki Dobraczyńskiemu uratowało się około 500 żydowskich dzieci.
Dobraczyński walczył w Powstaniu Warszawskim, najpierw na Lesznie i na Starym Mieście, a potem – po wędrówce kanałami – w Śródmieściu i na Mokotowie. Był żołnierzem NOW-AK, a więc tej części Narodowej Organizacji Wojskowej (zbrojnego ramienia Stronnictwa Narodowego), która weszła w skład Armii Krajowej.
Zaraz po wojnie dokonał się w jego życiu zakręt w inną zgoła stronę. Bardzo szybko przystał do grupy „Dziś i Jutro” stworzonej przez Bolesława Piaseckiego (przed wojną i w czasie wojny lidera młodych narodowców) i stał się czołowym publicystą tego pisma. Środowisko „Dziś i Jutro”, jakkolwiek wychodziło z nie-marksistowskich założeń filozoficznych, stało się mocną podporą nowego reżimu, instalowanego w Polsce przez Sowiety. A sam Dobraczyński dowiódł, że zakręt ideowy z 1945 r. zakorzenił go na trwałe na pozycji poplecznika komunizmu i „towarzysza walki” komunistów. Był dla władców nowego porządku cennym nabytkiem, ponieważ jako nie-marksista, były narodowiec, katolik i były działacz „Żegoty” mógł swoim autorytetem przyciągać do PRL-u osoby i całe grupy ludzi z założenia wobec niego nieufnych. Wkrótce ten jego potencjał polityczny poszerzył się, ponieważ Dobraczyński stał się znanym pisarzem. Zwykle określano go mianem pisarza katolickiego i nie bez racji, gdyż problematyka jego powieści (często nawiązująca wprost do chrześcijaństwa, podejmująca temat wyborów moralnych, oświetlanych z perspektywy Dekalogu) w pełni to uzasadniała.
Wszelako wybór, jakiego dokonał w 1945 r., podobnie jak i dalsze jego wybory moralne pozostawały obiektywnie w sprzeczności z chrześcijaństwem. W 1949 r. zostaje delegatem Krajowej Rady Obrońców Pokoju (instytucji fasadowej służącej propagandowym i politycznym potrzebom komunistycznych władz) na kongres w Paryżu. W 1952 r. zostaje z ramienia Stowarzyszenia PAX (nowa nazwa środowiska „Dziś i Jutro”) posłem na Sejm PRL. Ta funkcja była w ówczesnym systemie politycznym nie miała wiele wspólnego z parlamentaryzmem. Z ramienia PAX-u Dobraczyński od 1953 r. współkieruje redakcją „Tygodnika Powszechnego” – właśnie odebranego prawowitym właścicielom (z Jerzym Turowiczem na czele) i przekształconego w pismo, chociaż katolickie w formie, to przecież komunistyczne w treści. Była to jedna z mistyfikacji, których w ustroju PRL-u istniało bez liku. Dobraczyński brał później udział w wielu z nich, był na przykład członkiem prezydium Frontu Jedności Narodu – formalnie platformy współdziałania różnych partii i środowisk politycznych. Faktycznie, ponieważ panował system monopartyjny de facto, była to kolejna atrapa, którą znany już wtedy pisarz („Listy Nikodema”, 1951), („Bramy Lipska”, 1976) „Cień Ojca”, 1977) z piękną kartą okupacyjną w biografii, godził się firmować swoim nazwiskiem.
Jednak tym, co najbardziej pozostało w pamięci współczesnych, było poparcie Jana Dobraczyńskiego dla polityki stanu wojennego. W 1982 roku zgodził się zostać przewodniczącym Tymczasowej Rady Krajowej Patriotycznego Ruchu Odrodzenia Narodowego, potem stał (aż do końca w 1989 r.) na czele stałych władz tej organizacji, którą masowo nazywano kolaborancką. Bulwersujące były słowa wypowiedziane przez niego kilka dni po pacyfikacji kopalni „Wujek” w ankiecie „Żołnierza Wolności”: „Mówił ojciec święty Jan Paweł II, że nie powinna lać się polska krew, gdyż jej wylano zbyt wiele. Mówił o tym w swym przemówieniu gen. Jaruzelski, przypominając, jak bardzo nasza ziemia jest nasiąknięta krwią. A jednak krew polała się. Kto napełnił taką zawziętością serca młodych górników? Komu ta krew była potrzebna? Pamięć o niej zaciąży boleśnie nad myślami rodzin zabitych i rannych, także nas wszystkich w dniach święta, które my, katolicy, i również inni wychowani jednak w kulturze i tradycji polskiej, zwykli obchodzić w duchu radości, zgody i braterskiej miłości”. Wkrótce potem został szefem PRON-u. W połowie lat 80-tych został, jeszcze raz, posłem na Sejm PRL.
Jan Dobraczyński był wśród tych, stosunkowo nielicznych, twórców wspierających ekipę generała Jaruzelskiego. A ponieważ od początków jego zaangażowania po stronie komunistycznej minęło wiele lat i wiele zmieniło się w społecznej świadomości, w latach 80-tych pisarz stał się przedmiotem powszechnego odrzucenia i szyderstw. Mimo cenzury i innych środków chroniących władze i ich popleczników Dobraczyński dostawał wyraźnie sygnały, co większość Polaków sądzi o jego postawie: np. czytelnicy masowo odnosili książki jego autorstwa (niegdyś kupione, jak wolno sądzić, z zainteresowania) z powrotem do księgarń.
A przecież był Jan Dobraczyński dzielnym człowiekiem. U schyłku życia otrzymał – jakże zasłużony – medal Sprawiedliwego wśród Narodów Świata. Był zarazem wcieleniem bohatera-kolaboranta. Michał Głowiński, uratowany w dzieciństwie z getta warszawskiego, pisał, już pod koniec lat 90-tych, w „Gazecie Wyborczej”, na temat tajemnicy Dobraczyńskiego: Prawdopodobnie ocalił mi życie […]. Zaiste sprzeczności te są porażające, niepojęte, trudne do wytłumaczenia, tworzy się piekielny splot, zadziwiający u człowieka tak religijnego. Nie mnie rozważać problem, czy uratowanie choćby jednego człowieczego istnienia (a Dobraczyński przyczynił się do ocalenia znacznie większej liczby ludzi) przeważa to wszystko, co stanowiło zło i niegodziwość.